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解析建設(shè)罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)的探索與實(shí)踐

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關(guān)鍵詞: 罕見(jiàn)病,數(shù)據(jù)庫(kù)

    罕見(jiàn)病,亦稱“孤兒病”,是臨床上較難診斷的低發(fā)疾病。目前國(guó)內(nèi)尚未有明確的罕見(jiàn)病定義。

    我國(guó)現(xiàn)已有罕見(jiàn)病相關(guān)支持政策,但相關(guān)系統(tǒng)性研究卻很少。由于罕見(jiàn)病的低發(fā)病率特點(diǎn),臨床工作者缺乏必要的經(jīng)驗(yàn)以致診療過(guò)程盲目;患者常須經(jīng)多次排查才能確診,加重經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)。現(xiàn)有權(quán)威罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)主要側(cè)重于單病種介紹,缺乏基于臨床工作者思維方式由淺入深地介紹疾病;沒(méi)有將罕見(jiàn)病的科研成果與臨床實(shí)踐互通的轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)內(nèi)涵。因此,現(xiàn)亟需建設(shè)適用的罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù),以解決罕見(jiàn)病診治難題。

    上海交通大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版)作為國(guó)家級(jí)核心期刊,具備學(xué)術(shù)資源和專家資源的優(yōu)勢(shì)。因此,本次研究將以上海交通大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版)作為基礎(chǔ)平臺(tái),開(kāi)發(fā)建設(shè)罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)(一期),旨在為臨床工作者提供罕見(jiàn)病診治技術(shù)參考,提高診療效果以服務(wù)患者。

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    1   內(nèi)容與方法

    1.1 罕見(jiàn)病元數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)制定 回顧罕見(jiàn)病相關(guān)權(quán)威文獻(xiàn)及臨床專業(yè)書(shū)籍,提取罕見(jiàn)病介紹目錄字段;基于臨床工作者常規(guī)思維、由淺入深的疾病介紹邏輯,通過(guò)專家會(huì)議咨詢上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院10-15名罕見(jiàn)病專家,整合或刪除相同字段并排序;確定罕見(jiàn)病介紹內(nèi)涵,逐步優(yōu)化介紹字段準(zhǔn)確性與邏輯性,形成罕見(jiàn)病元數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)與信息結(jié)構(gòu)表(見(jiàn)圖1)。

    解析建設(shè)罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)的探索與實(shí)踐

    圖1 罕見(jiàn)病元數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)制定邏輯

    1.2 罕見(jiàn)病種遴選原則確定 

    結(jié)合我國(guó)罕見(jiàn)病發(fā)病現(xiàn)狀、上海市交通大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版)優(yōu)勢(shì),通過(guò)上海市交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院院士、教授及相關(guān)醫(yī)學(xué)專家的多番研討,確定罕見(jiàn)病種遴選原則:國(guó)內(nèi)發(fā)病率較高(超過(guò)1/10萬(wàn)),即不低于國(guó)際標(biāo)準(zhǔn);上海交通大學(xué)學(xué)報(bào)曾有過(guò)3次以上的學(xué)術(shù)報(bào)道或上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院系統(tǒng)具備診療資源優(yōu)勢(shì)。

    1.3 罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)采集

    1.3.1 數(shù)據(jù)來(lái)源 權(quán)威罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站:美國(guó)NIH罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)、中國(guó)罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)、臺(tái)灣罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù) ;權(quán)威期刊文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù):中國(guó)知網(wǎng)、PubMed、上海交通大學(xué)學(xué)報(bào)等。

    1.3.2 篩選路徑 基于遴選原則與數(shù)據(jù)來(lái)源,篩選出國(guó)內(nèi)發(fā)病率超過(guò)1/10萬(wàn)的罕見(jiàn)病112種,其中上海交通大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版)曾有報(bào)道的計(jì)31種,上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院系統(tǒng)具備診療優(yōu)勢(shì)的計(jì)8種(見(jiàn)圖2)。

    解析建設(shè)罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)的探索與實(shí)踐

    圖2 罕見(jiàn)病種篩選路徑

    1.3.3 數(shù)據(jù)采集 由培訓(xùn)合格的上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院臨床八年制或公共衛(wèi)生專業(yè)學(xué)生作為數(shù)據(jù)采集員,使用1.1開(kāi)發(fā)的信息結(jié)構(gòu)表進(jìn)行罕見(jiàn)病相關(guān)文獻(xiàn)檢索與數(shù)據(jù)錄入,建立《罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)》。

    1.4 信息化建設(shè)

    1.4.1 開(kāi)發(fā)工具 采用Linux和apache Web建設(shè)網(wǎng)站架構(gòu),采用Java和my SQL進(jìn)行網(wǎng)站開(kāi)發(fā)與數(shù)據(jù)庫(kù)建設(shè)。

    1.4.2 網(wǎng)站設(shè)計(jì) 網(wǎng)站前端設(shè)置三級(jí)板塊,逐級(jí)呈現(xiàn)相關(guān)內(nèi)容;網(wǎng)站后臺(tái)設(shè)置五個(gè)信息模塊,并設(shè)置輸入輸出端口用于信息交接;建立《罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)》模塊映射E-R圖(見(jiàn)圖3)。

    1.4.3 網(wǎng)站維護(hù) 基于1.4.1和1.4.2進(jìn)行信息化開(kāi)發(fā),形成《罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)》網(wǎng)站,并定期維護(hù)。

    解析建設(shè)罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)的探索與實(shí)踐

    圖3 罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)信息化設(shè)計(jì)架構(gòu)

    2    結(jié)果

    2.1  《罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)》基本內(nèi)涵

    2.1.1 罕見(jiàn)病基本數(shù)據(jù)庫(kù) 包括罕見(jiàn)病名稱、發(fā)病機(jī)制、臨床表現(xiàn)、流行病學(xué)特征(年齡分布、性別分布、地區(qū)分布)、診斷與治療信息。目前已完成收集87種信息完整的罕見(jiàn)病,其中已明確為遺傳病的有66種(75.86%),48.44%的罕見(jiàn)病好發(fā)于兒童期,51.79%為男性高發(fā)。罕見(jiàn)病診斷主要依靠基因檢測(cè)/基因診斷。

    2.1.2 罕見(jiàn)病學(xué)術(shù)報(bào)道數(shù)據(jù)庫(kù) 包括作者信息、作者所在單位、文章摘要、全文鏈接及對(duì)應(yīng)的罕見(jiàn)病。已收集的461篇罕見(jiàn)病相關(guān)學(xué)術(shù)報(bào)道中,共涉及84種罕見(jiàn)病,報(bào)道篇數(shù)較多的是骨髓增生異常綜合征。

    2.1.3 罕見(jiàn)病臨床科研試驗(yàn)數(shù)據(jù)庫(kù) 包括試驗(yàn)名稱、試驗(yàn)注冊(cè)單位、注冊(cè)的臨床試驗(yàn)中心平臺(tái)、試驗(yàn)內(nèi)容簡(jiǎn)介、臨床試驗(yàn)注冊(cè)的數(shù)據(jù)庫(kù)鏈接及對(duì)應(yīng)的罕見(jiàn)病。數(shù)據(jù)庫(kù)囊括了145項(xiàng)罕見(jiàn)病臨床科研試驗(yàn),涉及的罕見(jiàn)病64種,有34種罕見(jiàn)病其試驗(yàn)項(xiàng)目數(shù)為3項(xiàng)。

    2.1.4 罕見(jiàn)病專家?guī)?包括專家姓名、性別、工作單位、科室、職位職稱、專家個(gè)人簡(jiǎn)介及擅長(zhǎng)的罕見(jiàn)病。數(shù)據(jù)庫(kù)共收集有166位罕見(jiàn)病專家,涉及78種罕見(jiàn)病,有5位專家擅長(zhǎng)多種罕見(jiàn)病,有2位專家擅長(zhǎng)5種罕見(jiàn)病。

    2.2 《罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)》網(wǎng)站簡(jiǎn)介 《罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)》網(wǎng)站,即“上海交通大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版)罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)”,包括7個(gè)欄目:前沿資訊、罕見(jiàn)病百科、臨床科研試驗(yàn)、學(xué)術(shù)報(bào)道、附屬醫(yī)院、公益活動(dòng)和關(guān)于我們。

    2.3 與國(guó)內(nèi)外常見(jiàn)罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì) 《罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)》與國(guó)內(nèi)外權(quán)威罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)結(jié)果如表1所示。

    解析建設(shè)罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)的探索與實(shí)踐

    表1 國(guó)內(nèi)外常見(jiàn)罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)

    3    討論

    3.1 《罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)》體現(xiàn)轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)核心內(nèi)涵 轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)的目的在于打破基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)與臨床醫(yī)學(xué)的學(xué)術(shù)屏障,建立直接關(guān)聯(lián)。本次研究所建設(shè)的《罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)》,不僅包含有罕見(jiàn)病的基礎(chǔ)知識(shí),也增添有罕見(jiàn)病相關(guān)臨床科研試驗(yàn)、學(xué)術(shù)報(bào)道、臨床專家等信息,并通過(guò)網(wǎng)站的形式便于查閱與及時(shí)反饋?!逗币?jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)》在方便臨床工作者查閱罕見(jiàn)病前沿基礎(chǔ)研究和最新診療方法的同時(shí),也為基礎(chǔ)科研人員提供罕見(jiàn)病的臨床實(shí)踐現(xiàn)狀及潛在問(wèn)題。不僅體現(xiàn)了轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)的核心內(nèi)核,也展現(xiàn)了科研價(jià)值。

    3.2 罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)建設(shè)的創(chuàng)新與發(fā)展 本次研究共遴選出112種罕見(jiàn)病,而在數(shù)據(jù)收集過(guò)程中可知,當(dāng)前具備完整信息的罕見(jiàn)病僅87種。因此,當(dāng)前仍有25種罕見(jiàn)病并沒(méi)有引起足夠的重視,提示科研人員或?qū)<以诖朔矫嫒杂泻芏喙ぷ饔写M(jìn)行。與國(guó)內(nèi)外權(quán)威罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)的比對(duì)可知,《罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)》為臨床工作者提供前沿科研成果,并及時(shí)應(yīng)用于實(shí)踐;為罕見(jiàn)病患者提供專家信息,適當(dāng)減輕患者經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)。

    《罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)》作為整個(gè)項(xiàng)目建設(shè)的一期,囊括了87種包含完整數(shù)據(jù)的罕見(jiàn)病,體現(xiàn)了罕見(jiàn)病的臨床價(jià)值與學(xué)術(shù)價(jià)值的同時(shí),也為后續(xù)的二期乃至三期的研究工作提供堅(jiān)實(shí)數(shù)據(jù)基礎(chǔ)與平臺(tái)框架。隨著項(xiàng)目的不斷發(fā)展與完善,《罕見(jiàn)病數(shù)據(jù)庫(kù)》更顯競(jìng)爭(zhēng)力和學(xué)術(shù)先進(jìn)性,也為中國(guó)罕見(jiàn)病的綜合平臺(tái)構(gòu)建提供基礎(chǔ)參考。

    3.3 研究的不足 本研究目前尚處于平臺(tái)建設(shè)一期,在不斷完善與推廣過(guò)程中,仍存在著困難與挑戰(zhàn)。首先,本次研究作為國(guó)內(nèi)罕見(jiàn)病探索性研究,可借鑒的經(jīng)驗(yàn)并不多,其在開(kāi)發(fā)過(guò)程中難免存在經(jīng)驗(yàn)不足;國(guó)內(nèi)多個(gè)罕見(jiàn)病研究機(jī)構(gòu)目前尚未有效地聯(lián)合參與罕見(jiàn)病防治工作,缺乏政府強(qiáng)有力的政策支持與平臺(tái)運(yùn)作;當(dāng)前國(guó)內(nèi)發(fā)病率超過(guò)1/10萬(wàn)的罕見(jiàn)病有112種,但可獲得完整數(shù)據(jù)的僅87種,說(shuō)明當(dāng)前工作仍需加強(qiáng)。

    因此本次研究將繼續(xù)推進(jìn)平臺(tái)建設(shè)開(kāi)發(fā),并吸納更多的罕見(jiàn)病研究機(jī)構(gòu)共同參與,呼吁政府出臺(tái)相關(guān)罕見(jiàn)病防治政策,以完善平臺(tái)建設(shè),展現(xiàn)轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)內(nèi)涵建設(shè)和科研價(jià)值。

    (審核編輯: 林靜)

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